それぞれの制度の対象となる脈管系疾患は、下図をご参照ください。二つの制度を比べると、対象疾病名の名前の付け方が一部異なっており、対象となる疾病の決め方が若干異なっています。また前述の通り、指定難病の対象となる方が、必ずしも小児慢性特定疾病の対象になるというわけではありません。

どちらの制度でも、医療費助成の自己負担上限額は世帯所得によって変わり、その区分基準の設定も両制度で同様です。ただ小児慢性特定疾病の方が、指定難病よりも自己負担上限額が低く、入院中の食費にも一部助成があります。指定難病には、認定の要件を満たす重症度には達していないが、高額な医療を継続する必要がある場合（月ごとの医療費総額が33,300円を超える月が年間3回以上ある場合）は、医療費助成の対象となります。

※本記事でご紹介している内容は、2021年12月時点の情報です。変更となっている可能性がありますので、インターネットや自治体の窓口などで最新の情報をご確認ください。