脳波などから新生児けいれんと診断されたら先ず赤ちゃんを保育器に収容し、心拍数、血圧、呼吸数などを十分に観察します。また、静脈からいつでも薬を注射できるように用意を整え、けいれんが持続するようであれば酸素の吸入を行います。その間に原因に対する治療を行います。原因が短時間で分かるような場合は問題ありませんが、原因が短時間で分からない場合には、先ずけいれんを止める治療を行います。

今までは、小児で用いたり成人で用いたりしていた抗けいれん剤を投与していましたが、2008年に「新生児けいれん」のためのお薬が日本で初めて認められました。投与する量やどのくらいの時間投与するかについては、赤ちゃんの状態により異なってきます。