新生児けいれん（発作）の予後は原疾患とけいれんの持続時間などで大きく異なってきます。周産期医療の進歩により死亡率は、以前40%以上だったのに対して半減してきています。今後は、いかに後遺症（発達遅滞や運動障害、てんかんへの移行など）を少なくするかという課題が残っています。